داستان کتاب «کفر شیرین» درباره‌ی جستجوی شمس برای یافتن یک شاگرد شایسته یا همان مولانا است. ماجرای دیدار شمس و مولانا از آن‌جا شروع می‌شود که شمس در خواب، تصویری از مرگش را می‌بیند و متوجه می‌شود که باید به دنبال کسی باشد که بتواند اطلاعات و دانسته‌هایش را به او منتقل کند. بنابراین از سمرقند به بغداد سفر می‌کند. در بغداد از طریق یک صوفی، با محققی آشنا می‌شود که آن شخص کسی نیست جز مولانا…
شمس برای دیدن مولانا به قونیه سفر می‌کند و داستان این دیدار، دوستی‌ای که بین او و مولانا شکل می‌گیرد و باعث تنفر خانواده‌ی مولانا از شمس می‌شود، بیشتر از قبل باعث می‌شود که اللا، عزیز زاهارا، یعنی نویسنده‌ی رمان «کفر شیرین» را شمس زندگی‌اش بداند! به همین‌خاطر با عزیز زاهارا از طریق ایمیل ارتباط برقرار می‌کند و در طول داستان کم کم متوجه می‌شود که می‌تواند تمام زندگی، فرزندانش و همسرش را رها کند و دست به سفری بزند که باعث آرامش و تحول او شود.